Para lograr su misión y los objetivos de sus proyectos, CIDEIM impulsa estrategias y dinámicas de  colaboración con instituciones públicas y privadas, académicas, de servicios y médicas, a nivel nacional e internacional. Nuestro modelo de trabajo procura esfuerzos en red, convenios y alianzas para llevar a cabo nuestra misión.

Actualmente tenemos convenios formales con la Universidad del Valle, la Universidad Icesi, la Universidad Javeriana, la Universidad Nacional, la Universidad Católica de Manizales, la Pontificia Universidad Bolivariana, la Universidad del Tolima, la Universidad del Magdalena, la Clínica Fundación Valle de Lili, la Secretaría de Salud de Bogotá y el Instituto Nacional de Salud. Así mismo, CIDEIM hace parte de las siguientes redes:

• Red de 26 instituciones hospitalarias en 9 ciudades de Colombia. CIDEIM coordina esta red y lidera el estudio sobre resistencia bacteriana e infecciones asociadas a la atención de salud en esas instituciones (ver más).
• Red Nacional para Fortalecer Programas de Postgrado en Ciencias Biomédicas. CIDEIM coordina esta red a la que pertenecen 11 universidades nacionales e instituciones en Centroamérica y Suramérica.
• Red Servicio Compartido de Propiedad Intelectual-Secopi – SALUD. CIDEIM lidera esta red conformada por 14 Instituciones en 8 ciudades de Colombia
• Red AEDES (Abordando Áreas Endémicas de Dengue para la Disminución de su Impacto en la Sociedad), programa financiado por el Sistema Nacional de Regalías en el que participan más de 20 instituciones en Colombia y EEUU.
• Asociación de Centros Autónomos de Investigación y Desarrollo Tecnológico integrada por la Corporación para la Investigación de la Corrosión (CIC), la Corporación para Investigaciones Biomédicas (CIB), el Centro Internacional de Física (CIF), Corpogen y el Instituto de Capacitación e Investigación del Plástico y del Caucho (ICIPC). (ver más)
• Alianza para la Vigilancia y Terapéutica de la Leishmaniasis (VyTAL) conformada por 11 Instituciones en Bogotá, Medellín, Bucaramanga, y Cali.
• Red Amazónica de Vigilancia de Resistencia a las Drogas Antimaláricas (RAVREDA)
• Red Mundial de Resistencia a Antimaláricos (WWARN - World Wide Antimalarial Resistance Network).
• Red Inter-regional de Centros de Referencia para Buenas Prácticas en la Investigación.
• Red TBPacífico, conformada por 11 Instituciones en Cali y Buenaventura
• RECEIH - Red de Comités de Ética en Investigación con Humanos