CIDEIM es una institución que se sostiene exclusivamente a partir de la presentación de propuestas ante agencias financiadoras. CIDEIM participa en convocatorias nacionales e internacionales y compite por recursos para financiar sus proyectos de investigación y formación. Entre las convocatorias a las cuales aplica, se destacan aquellas promovidas por las siguientes agencias financiadoras:

• Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación, COLCIENCIAS
• Banco de la República
• National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID-NIH)
• Fogarty International Center
• Swiss National Science Foundation (SNSF)
• Special Programme for Reseach & Training in Tropical Diseases (TDR) sponsored by UNICEF / UNDP/ World Bank / WHO
• Wellcome Trust
• UBS Optimus Foundation

Además del patrocinio de proyectos, hemos asegurado apoyo programático en distintos períodos, por ejemplo, a través de Wellcome Trust (2000-2005) y del programa International Collaborations in Infectious Disease Research (ICIDR) del NIH (2005-2010).  Este financiamiento a nivel de programa le ha permitido a CIDEIM establecer su competitividad internacional y complementar el financiamiento obtenido de otras fuentes.